Linklater chào đời tại Houston, Texas; ông là con trai của bà Diane Margaret (nhũ danh Krieger) – giáo viên tại trường đại học bang Sam Houston và ông Charles W. Linklater đệ III.[3] Ông theo học trường trung học Huntsville tại Huntsville, Texas vào năm ông học lớp 9–11; tại đây ông chơi bóng bầu dục cho Joe Clements ở vị trí quarterback dự bị cho đội bóng đang xếp hạng 1 toàn bang. Ở năm học cuối cấp, ông chuyển đến Trường Trung học Bellaire tại Bellaire, Texas vì ông chơi bóng chày tốt hơn bóng đá và Bellaire có một huấn luyện viên bóng chày giỏi hơn. Ở tuổi thiếu niên, Linklater đã thắng giải Nghệ thuật và Viết lách Học thuật.[4][5]

Linklater đã theo học tại Đại học bang Sam Houston (ở đây ông vẫn chơi môn bóng chày),[6] kế đó bỏ học để đi làm công nhân tại một giàn khoan dầu nằm ở vịnh México. Ông thường xuyên đọc tiểu thuyết trên giàn khoan và lúc trở về đất liền, ông nảy sinh tình yêu với điện ảnh qua nhiều lần ghé thăm một nhà hát kịch nghệ tại Houston. Lúc bấy giờ, Linklater nhận ra mình muốn trở thành một nhà làm phim. Ông dùng tiền tiết kiệm để mua một chiếc máy ảnh Super 8, một cái máy chiếu và thiết bị biên tập video, rồi chuyển đến Austin, Texas. Ông học trường cao đẳng cộng đồng Austin vào mùa thu năm 1984 để theo học ngành điện ảnh.[7]